基于毛红椿转录组序列的SSR分子标记开发

发布者:ylys发布时间:2022-06-17浏览次数:10

本研究利用MISA软件对毛红椿28 725 Unigene序列进行SSR位点检测,在10 764Unigene序列中检测出14 106SSR位点,SSR发生频率为37.47%,平均每5.18 kb出现一个SSR位点。优势重复基元以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主,分别占比为56.64%20.91%19.62%SSR位点核苷酸重复基元类型共有215种,主要以单核苷酸重复类型A/T为主,占总SSR数量的55.54%SSR重复类型以9~12重复次数最多,占总数的48.00%。用Primer 3软件对含有SSR位点的序列进行批量设计引物,合成320SSR引物,获得7对多态性引物,在20个样品中进行毛细管电泳检测,共检测到26个等位基因,平均等位基因数为3.71个,平均有效等位基因数为2.06个,平均Shannon多样性指数(I)0.8 523,平均多态性信息含量(PIC)0.4 344,其中MC85TM121TM96为高度多态性位点(PIC0.5)。结果表明基于毛红椿转录组序列开发的SSR引物可用于毛红椿种群遗传多样性研究,为毛红椿遗传背景研究奠定基础。

   上述研究成果在刊物《分子植物育种》上,江西省森林培育重点实验室潘蓉蓉为第一作者,张露教授为通讯作者。